ギュンター・ピヒラーは、オーストリアのチロル州クーフシュタインで生まれ育った。 1955年に、ウィーン国立音楽大学に入学した。18歳で、ヴォルフガング・サヴァリッシュが指揮を務めるウィーン交響楽団にコンサートマスターとして入団した。21歳の時に、指揮者ヘルベルト・フォン・カラヤンによる同点を破る決定票で、ウィーン・フィルハーモニー管弦楽団のコンサートマスターに任命された。 

1970年、ギュンター・ピヒラーはアルバン・ベルク四重奏団を創設し、2008 年に解散するまで、この世界的に有名な弦楽四重奏団の第1ヴァイオリンを務めていた。 

彼は1963年から2009年までウィーンの国立音楽大学で、1993年から2012年までケルン音楽大学で教授を務めた。2007年に、彼はマドリッドのソフィア王妃高等音楽院の室内楽国際研究所の会長に任命された。さらに彼は、パリのプロクァルテット、シエナのアカデミア・チギアナ、モントリオールのMisquaを含むいくつかのサマーアカデミーで教えている。 

彼が教えた生徒の多くは、国際的な賞を受賞したり、主要なオーケストラのコンサートマスターに就任したり、ソロ活動で名を挙げてたりしている。さらに、彼の教え子の中には、アルテミス、アロン、アリス、ベルチャ、アーツィエス、アマリリス、カザルス、カヴァレリ、エリオット、フォーレ、フィンジ、ノトス、ミネッティ、ピアッティ、シンプリー、シューマン、ヴァン・カイック、ヴィジョン、そしてヴォーチェなどの弦楽四重奏団、及びトリオ・コン・ブリオ、アトス、エッグナー、モルゲンシュテルン、そしてザディグなどの弦楽三重奏団のメンバーになった者もいる。 

アルバン・ベルク四重奏団との活動及び教師としての活動に加えて、ギュンター・ピヒラーは指揮者としてのキャリアもスタートした。それ以来彼は、コンサートやツアーで、シュトゥットガルト室内管弦楽団、ウィーン及びイスラエル室内管弦楽団、パリ室内管弦楽団、フィレンツェのトスカーナ管弦楽団、ミラノ・イ・ポメリッジョ・ムジカーリ管弦楽団、ハレ管弦楽団、リール国立管弦楽団、そしてロイヤル・フランダース・フィルハーモニー管弦楽団を含む数々のオーケストラの指揮を務めた。日本では、東京フィルハーモニー交響楽団、大阪フィルハーモニー交響楽団、仙台フィルハーモニー管弦楽団、及びNHK交響楽団などの名高い交響楽団で指揮を務めた。2001年から2006年まで、彼はオーケストラ・アンサンブル金沢の首席客演指揮者を務め、それ以来そこの芸術顧問を務めている。